Здравствуйте, вопрос первый как собрат структуру сайта чтобы всё было по полочкам и второй на что обратить...
Добрый день.
Если вы о структуре бэкенда сайта, то сейчас при написании практически любого сайта используется CMS (система управления контентом, "движок"), либо Framework. И в первом и во втором случае структура будет продиктована той CMS или Фреймворком, который вы выберете, поэтому тут ничего не нужно придумывать, просто следуйте документации по выбранному вами софту.
Если же вы о пользовательской навигации на сайте (пункты меню, ссылки и т. д.), то тут, конечно же, нужно отталкиваться от конкретного случая, продумывать удобную для пользователей структуру.
Что касается адаптивности - это пожалуй вопрос на целый учебный курс, и даже не один. Вам нужно освоить HTML, CSS, JS. Эти языки позволят вам делать адаптивные сайты. Также тут будут полезны соответствующие Фреймфорки, например, Bootstrap.
Если нужно выделить какой-то один момент на что обращать внимание, то я бы сказал, что на отступы. Много сайтов с которыми мне приходилось работать имели проблемы с отступами на одном или нескольких диапазонах ширин экранов. К счастью, в последние годы вижу этого меньше.
